制药废水的处理难点在于废水中的某些成分有可能抑制微生物的生长，进一步降低废水的可生化性，使出水不符合排放标准。因此，提高可生化性是制药废水处理过程中面临的首要问题。目前，制药废水的处理方法主要有生化法、化学法和物理化学法以及其组合方法。

化学法：

　　化学法是云南污水处理的传统方法，目前以氧化法、电解法以及高级氧化法等作为制药废水的预处理及$级处理比较常见。

　研究表明，KMnO4氧化法预处理中草药制药废水的优化反应条件为：KMnO4投加量13mg/L，反应温度60℃，反应时间25min，pH为6，预氧化法为后续处理减轻了很大难度，但是由于反应温度过高，给实际应用提出了新的问题。

　　采用三维电极法对某制药厂维生素制药废水深度处理进行试验研究，优化工艺参数：电解电压为10V，极板间距8cm，电解时间20min，初始pH为4，此时COD和色度的最大去除率分别为59.5%和93.57%，但是酸性环境中可能会产生对电极和反应槽的腐蚀作用，所以寻求适合的催化剂，使反应在不调节pH或者在稍偏酸的环境中也有较好的处理效果，从而降低运行的成本。

　　微电解法目前已应用于工业废水的处理。公司技术人员对铁炭微电解系统处理高氮、难降解制药废水进行了研究，结果表明，填料的粒度，pH、铁碳含量、气水体积比和停留时间，影响铁炭微电解系统的脱氮效率。技术人员等采用铁炭微电解法预处理COD为10.08g/L，pH为8.3，盐质量分数为3.5%，BOD5约为1400mg/L，B/C为0.14的高含盐制药废水，优化反应条件：pH为4.5，铁投加量40g/L，铁炭质量比1：1，反应时间4h，COD去除率可达40%以上，并可以提高废水的可生化性。该法处理设备简单、易制作、操作方便、处理成本较低、适用范围广、易于同其他方法联合使用等特点。

　　化学法也可作为制药废水的深度处理方法。公司技术人员研究表明，Fenton氧化抗生素废水2级处理出水的单因素试验优化工艺条件为：H2O2投加量为5mL/L，初始pH为4，Fe2+、H2O2摩尔比为1/20，反应时间为60min，实验证明了Fenton氧化作为抗生素废水3级处理的可行性，但在实际工程中的应用还有待考量。以临沂某制药厂废水为研究对象，对O3/H2O2处理制药废水的影响因素进行试验研究，结果表明，在深度处理进水COD约为480mg/L时，优化工艺参数：pH为9，臭氧投加量1247mg/(L·h)，处理时间4.5h，COD去除率可达到83%。AchilleosA等利用UV-A/TiO2光催化氧化法降解制药废水中抗生素类药物双氯芬酸等有机污染物，主要研究了催化剂的种类和负荷、双氯芬酸的初始含量及H2O2的用量等因素对处理效果的影响。

物化法：

　　物化处理法通常情况下是用于高含量或生化性较差制药废水的预处理，也可用于后续的深度处理。主要的物理化学处理方法有混凝、吸附、气浮、离子交换及膜分离法等。

　　混凝是目前比较成熟的一项废水处理技术，通常作为预处理工艺。采用混凝沉淀工艺预处理某制药企业中高含量制药废水，COD的去除率可达到40%以上。对Osmonics的DK和DL纳滤膜深度处理抗生素制药废水的效果进行试验研究，结果表明，在相同条件下，DK膜的通量随时间的下降幅度较小，截留率较大;随着溶质含量或溶液温度的升高，纳滤膜的通量下降幅度增大，截留率增大。膜分离技术可精细到分子水平，在污染物分离过程中无需添加任何药剂，且无任何相变，在制药废水深度处理方面有很大的发展空间。公司技术人员研究ABR-MBR联合工艺处理高含量制药废水，进水COD为2500mg/L左右，可生化性差，出水水质达标。DolarD等研究了混凝-微滤预处理后采用反渗透和纳滤处理制药废水，出水效果很好，污染物去除率基本达到100%，并成功进行了膜清洗。